一、 具体解析：
根据我国《农村土地承包法》的规定，通过家庭承包取得的土地承包经营权可以依法采取转包、出租、互换、转让或者其他方式流转。土地承包经营权采取转包、出租、互换、转让或者其他方式流转，当事人双方应当签订书面合同。采取转让方式流转的，应当经发包方同意；采取转包、出租、互换或者其他方式流转的，应当报发包方备案。按照上述程序进行流转的话，那么该流转协议是属于合法有效的，作为合同的当事人应当遵守该合同的约定。你所说“作为转让方的户主，在五年后看到所流转的土地增值后告受让方的协议和发包方办理的流转登记无效”这是没有法律依据的，除非其有证据证明上述流转存在法定的无效情形，但从你表述看你们这个签协议以及办理登记都是按照法定程序进行，应当是有效的。
二、 法条依据：
《农村土地承包法》
第三十七条 土地承包经营权采取转包、出租、互换、转让或者其他方式流转，当事人双方应当签订书面合同。采取转让方式流转的，应当经发包方同意；采取转包、出租、互换或者其他方式流转的，应当报发包方备案。
土地承包经营权流转合同一般包括以下条款：
（一）双方当事人的姓名、住所；
（二）流转土地的名称、坐落、面积、质量等级；
（三）流转的期限和起止日期；
（四）流转土地的用途；
（五）双方当事人的权利和义务；
（六）流转价款及支付方式；
（七）违约责任。
第三十八条 土地承包经营权采取互换、转让方式流转，当事人要求登记的，应当向县级以上地方人民政府申请登记。未经登记，不得对抗善意第三人。