公司和农民专业合作社（以下简称合作社）有一些相似的地方，比如两者均具有法人资格；股东对公司或者成员对合作社均只承担有限责任；公司中的股份有限公司对股东人数的要求与合作社对成员人数的要求均没有上限；合作社的组织机构有成员大会、理事会、监事会、经理等，跟公司组织机构中的股东会、董事会、监事会、经理等相类似。但是二者之间毕竟也有很多不同的地方，下面就根据《公司法》、《农民专业合作社法》的相关规定作一些比较。
　　一、公司以营利为目的，合作社是一种互助性的经济组织。
　　合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。其目的在于通过为成员提供购销、加工、运输、储藏、技术、信息等方面的服务，使成员联合进入市场，形成聚合的规模经济，以节省交易费用、增强市场竞争力、提高经济效率、增加成员收入。因此，合作社的主要目的在于为成员提供服务，尽管在提供服务过程中合作社也可能会有营利。当然，作为重要的市场主体之一，合作社对外也展开经营，也需要营利，但这并非其主要目的，并且对外经营和营利服从于为成员提供服务。
　　与合作社不同，公司股东出资成立公司，并非是要使公司为自己提供服务。公司股东注入资产到公司，公司对外展开经营活动，创造利润并回报股东。因此，获得利润并为股东创造价值是公司的根本目的。
　　二、办合作社的门槛比办公司要低得多。
　　《农民专业合作社法》对于合作社的出资问题有非常宽松的规定，农民入合作社可以出资也可以不出资。但是公司则有最低注册资本的要求，比如一人有限责任公司的注册资本最低限额为人民币十万元，一般的有限责任公司最低要求有三万元注册资金。
　　三、对于成员（股东）的要求不同。
　　合作社的成员中，农民至少应当占成员总数的百分之八十。成员总数二十人以下的，可以有一个企业、事业单位或者社会团体成员；成员总数超过二十人的，企业、事业单位和社会团体成员不得超过成员总数的百分之五。公司只对公司股东的数目作出了要求，比如一人有限责任公司，要求有一个自然人股东或者一个法人股东，一般有限责任公司由五十个以下股东出资设立，股份有限公司有二人以上二百人以下为发起人，其中须有半数以上的发起人在中国境内有住所，而没有对股东成分作出限制。
　　四、与公司股东不能抽回出资不同，合作社实行“退社自由”的原则。
　　公司法不允许股东在公司成立后抽回出资。股东如果想与公司脱离关系，只能向其他人转让公司的股份。而合作社实行“退社自由”的原则，合作社成员要求退社的，只要在财务年度终了的一定期间内向理事长或理事会提出即可。合作社成员虽然可以自由退社，但却不能像公司股东转让股份那样将出资额和成员资格转让给他人。
　　五、登记要求不同。
　　法律规定，合作社到当地的工商行政管理部门办理登记是不收费的。当然有一些不从事营利性经营活动的农民合作组织，比如说农民技术协会，以前已经在民政部门进行了社会团体法人登记，在《农民专业合作社法》实施以后，仍然还是在民政部门登记，按照社会团体法人来进行管理，不需要变更成工商登记的农民专业合作社。而公司登记则是按照注册资金总额资金的比例收取登记费的，最低为50元。