第一，宅基地集体所有与农民私有观念的矛盾。《中华人民共和国宪法》和《土地管理法》都明确规定，农村的土地包括宅基地归集体所有，农民只有占有权和使用权。我国的农民总体文化素质不高，有关部门对农民、农村的法律知识宣传和普及不够。农民的法律意识比较淡漠，对于农村土地集体所有制理解模糊，不清楚自己作为村民集体组织的一员，享有一户拥有一处合法宅基地的权利，并且对村集体的宅基地分配拥有一定的决策权。
部分农民受封建小生产观念和故土观念影响，将宅基地视为自己的私有财产，建新不拆旧、不愿将旧宅基地交还集体。有的农民认为，宅基地是一种私有财产，可以祖祖辈辈传承下去。这就形成了集体所有制与农民私有观念的矛盾。
第二，房产与地产的矛盾。《中华人民共和国宪法》第十三条规定：“公民的合法的私有财产不受侵犯”。
《中华人民共和国宪法》和《土地管理法》规定，农村宅基地所有权属于集体，《中华人民共和国物权法》第一百五十二条明确规定，宅基地使用权人享有占有和使用的权利。而农民所建住宅是农民的私有财产，所有权、使用权都归农民自己。这就导致农民房屋与宅基地所有权的矛盾，进而导致农民行使权利上的矛盾。

第三，禁止农村宅基地流转与农民房产物权的矛盾。我国法律规定，农民每户只能拥有一处合法的宅基地，宅基地不能流转，农民出租、出卖住房后，不得再申请宅基地。农民在合法的宅基地上建造的房屋都是农民的私有财产，属于不动产。根据《物权法》的规定，农民应该享有完全的物权，包括所有权、用益物权和担保权。
但是《土地管理法》规定，宅基地归集体所有，农民不能随意流转，所以，农民建在宅基地上的房屋虽然是农民的私有财产，也与宅基地一起不能随意流转，这就形成了禁止宅基地流转与农民任意处置自己房产物权的矛盾。