1、农村土地确权登记分属不同部门，确权的主体和性质尚不明晰
　　一是土地所有权和承包经营权确权发证分属国土和农业两个部门。
　　二是农村集体土地所有权发证主体不明确。
　　三是农村集体土地和宅基地权属尚不明晰。
　　2、确权登记认识尚不统一、基层推动此项工作的积极性不高
　　3、确权登记中遇到的政策性矛盾突出，工作力量和投入经费严重不足
　　4、确权登记发证的后续工作亟待加强，相关政策调整尚未及时跟上