１．首先需要到县级以上的国土局提出农转商的申请。
２．在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将农用地转为商业用地的，按照土地利用年度计划分批次由原批准土地利用总体规划的机关批准，需要在所在地的土地管理部门进行。
３．在已经批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地是需要由市、县的人民政府批准的。
４．之后还需要缴纳一定的费用，若是服务性的费用就在办理的部门缴纳，而税费就得到税务部门缴纳。
以上就是有关农业用地转商业用地流程的以及在哪里办理的内容了，因为有些农业用地是不能转为商用的，所以在办理之前好先了解一下是否适合。