1、两者的定义不同

建设用地使用权是指在国家或集体所有的土地上建造并经营建筑物、构筑物及其附属设施的权利;宅基地使用权指的是农村集体经济组织的成员依法享有的在农民集体所有的土地上建造个人住宅的权利。

2、两者的土地权限不同

宅基地使用权人使用的土地只限于农村集体土地;根据《物权法》第十二章第一百三十五条的规定：“建设用地使用权人依法对国家所有的土地享有占有、使用和收益的权利，有权利用该土地建造建筑物、构筑物及其附属设施。”建设用地指的是国家所有的土地。

3、两者的使用主体不同

宅基地使用权是村民在集体经济组织内部享有的权利，非本集体成员并不享有宅基地使用权;建设用地使用权对主体并没有限制。

4、两者取得的费用条件不同

宅基地使用权的取得是无偿的;建设用地使用权的取得大部分情况下都是有偿的，需要交纳土地使用费，只有在划拨的情况下不用交纳。