基本农田的保护措施主要体现在体制、机制、法制以及管理上，从四个方面分别有不同的负责程度。

1、在体制上，国家成立国土资源部，地方各级人民政府成立国土资源管理部门，统一负责土地的管理和监督工作，加强对基本农田的保护和管理。
2、在机制上，各级人民政府编制土地利用总体规划，对土地实行用途管制制度，尤其对农地转为建设用地实行严格控制，从严审批。同时，国家对新增建设用地征收土地有偿使用费，对占用耕地征收耕地占用税，采用经济手段建立占用耕地的调控机制。

3、在法制上，对非法占用耕地，造成耕地大量毁坏，对国家机关工作人员徇私舞弊，违反土地管理法规，滥用职权，非法批准征用、占用土地，或者非法低价出让国有土地使用权等违法行为，追究刑事责任，把耕地纳入刑法的保护范围。

4、在管理上，国家依照法律条款建立了基本农田的保护区制度，所以下面的乡镇政府也得根据法律来划定基本农田，不能任由农民自己随意乱来。