针对农田水利工程运行维护主体不明确、责任不落实，建、管、用一定程度上存在脱节，影响工程效益发挥的问题，《条例》在加强农田水利工程运行维护方面主要作了以下规定：一是按照不同工程类型，分别确定运行维护主体。如，明确政府投资建设的大中型农田水利工程由县级以上人民政府按照工程管理权限确定运行维护单位，农村集体经济组织筹资筹劳建设的农田水利工程由农村集体经济组织或者其委托的单位、个人负责运行维护，政府与社会力量共同投资建设的农田水利工程由投资者按照约定确定运行维护主体等。二是明确了运行维护职责。要求运行维护单位和个人建立健全运行维护制度，加强对农田水利工程的日常巡查、维修和养护。三是完善了运行维护经费保障机制。规定县级以上人民政府应当建立农田水利工程运行维护经费合理负担机制，农田水利工程所有权人应当落实农田水利工程运行维护经费。四是完善了工程设施保护要求。明确禁止侵占、损毁农田水利工程设施，以及爆破、打井、采石、取土活动等危害农田水利工程设施的行为，并对上述违法行为规定了严格的法律责任。