土壤污染直接影响食品原料的品质。环境中的污染物通过生态循环最终都会进入土壤，对食品原料的生长、加工、食用等过程都有影响。污染的土壤生产出的农副产品进入食物链，最终进入人体,对人体健康造成严重损害。

在土壤污染造成的食品安全问题中，以铅、砷、镉、汞等重金属造成的食物污染最为严重。铅中毒能造成人体造血机能、神经系统和肾脏的损伤，引发口臭、呕吐、肠胃绞痛、消化性溃疡、便秘等症状。砷主要以砒霜、雄黄等形式存在，食品受砷污染并致危害的情况比较常见。通常微量的砷是不会对人体产生危害的，但长期砷中毒就可能导致皮肤癌、肺癌、结肠癌、膀胱癌等。砷还可导致胎儿畸形，出现角质皮肤色素沉着、发冷、黑脚病等病症。镉中毒后会损害肾脏，影响呼吸系统健康，并造成钙等营养素的流失。汞中毒会增高人体的血压，增加成人心脏病突发的危险；汞还是引起免疫系统疾病的根源之一，如果孕期、哺乳期妇女汞中毒，就会间接影响胎儿、婴儿的身体健康。