农田土壤污染的危害主要表现在以下几个方面：

一是导致严重的经济损失——农作物的污染、减产。以农田土壤的重金属污染为例，全国每年就因重金属污染而减产粮食1000多万吨，另外被重金属污染的粮食每年也多达1200万吨，合计经济损失至少200亿元。

二是导致生物品质不断下降。我国大多数城市近郊农田土壤都受到了不同程度的污染，有许多地方的粮食、蔬菜、水果等食物中镉、铬、砷、铅等重金属含量超标或接近临界值。农田土壤污染除影响食物的卫生品质外，也明显地影响到农作物的其他品质。有些地区污水灌溉已经使蔬菜的味道变差，易烂，甚至出现难闻的异味。另外，农产品的储藏品质和加工品质也不能满足深加工的要求。

三是危害人体健康。农田土壤污染会使污染物在植(作)物体中积累，并通过食物链富集到人体和动物体中，危害人畜健康，引发癌症和其他疾病等。

四是导致其他环境问题。农田土地受到污染后，含重金属浓度较高的污染表土容易在风力和水力的作用下分别进人到大气和水体中，导致大气污染、地表水污染、地下水污染和生态系统退化等其他次生生态环境问题。