由于罚款标准幅度太大，实践中哪些可以每平方米罚100元，哪些罚1000元，涉及自然裁量权问题。新条例公布后，浙江省自然资源厅、山东省自然资源分别出台标准，对违法占用土地罚款标准作出规定 。
2021年12月22日，浙江省自然资源厅以浙自然资规［2021］15号文印 发《浙江省自然资源行政处罚裁量基准(土地类)》。该《基准》规定 ，对未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，除依法责令退还土地，没收或拆除建筑物外，对占用永久基本农田，可以并处非法占用土地每平方米900元以上1000元以下罚款。对占用除永久基本农田以外的耕地，可以并处非法占用土地每平方米500元以上1000元以下罚款。对占用除耕地(永久基本农田)以外的其他农用地或未利用地的，可以并处每平方米300元以上500元以下罚款。对占用建设用地的，可以并处每平方米100元以上300元以下罚款。
2021年8月27日，山东省自然资源厅关于印发《山东省自然资源行政处罚裁量基准》的通知(鲁自然资规［2021］1号)，自2021年9月1日起施行。《基准》规定，对未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，除依法责令退还土地，没收或拆除建筑物外，对占用耕地的可以并处非法占用土地每平方米800元以上1000元以下罚款。对占用其他非耕地农用地的，可以并处每平方米500元以上800元以下罚款。对占用建设用地或未利用地的，可以并处每平方米100元以上500元以下罚款。
实行最严格的耕地保护制度是我国的基本国策，而永久基本农田是优质耕地，更要加以特殊保护。从两省规定来看，两省地按地类对罚款标准作出的规定，体现了严格保护耕地尤其是永久基本农田的处罚导向。在山东省非法占用耕地每平方米罚款800元以上，浙江占用一般耕地每平方米罚款500无以上，占用永久基本的每平方米可处以900元以上1000元以下罚款。照此罚款，违法用地将会付出惨重代价，罚款也会导致倾家荡产，情节严重的还将会被追究刑事责任。
